Historie trojbarevné standarty je překvapivě dlouhá, její vznik se datuje až do roku 1851. Všechny zvolené barvy se vztahují k přírodním podmínkám: Modrá představuje oceán s jeho bohatým životem, zelená reprezentuje plodnost místní vysočiny a prostřední bílý pruh má symbolizovat jistou prázdnotu suchých nížin. Galapážská vlajka se shoduje se standartou afrického státu Sierra Leone.